-
السيرة شخصية
حصل الدكتور شوسابيل على درجة الدكتوراه من جامعة بروكسل في عام 1999. وباعتباره اختصاصياً في علم المناعة، اكتسب خبرة في مجالات علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية، باستخدام أدوات التنميط النسخي للجينوم الكامل كزميل ما بعد الدكتوراه في NIAID / NIH لدراسة العلاقات بين العائل والممرض. قبل انضمامه إلى سدرة للطب، طور الدكتور شوسابيل برنامج علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية في معهد بايلور لأبحاث المناعة في دالاس تكساس (2004 - 2010). شغل منصب رئيس قسم علم المناعة للأنظمة في معهد Benaroya للأبحاث في سياتل واشنطن (2010-2014) حيث قاد دراسات استقصائية حول "إعادة برمجة الجينوم" التي تحدث في دم المرضى الذين يعانون من أمراض معدية وأمراض المناعة الذاتية وكذلك استجابتهم للقلاحات. -
بحثنا ونهجنا
تستخدم مجموعتنا منهجيات التنميط على مستوى النظام للتحقق من الآليات المناعية المشاركة في الحفاظ على الصحة والتسبب في المرض. يتم تحديداً استخدام تشكيل ملفات الدم في التردد الزمني العالي لأعمال اكتشاف الواسمات الحيوية. تركز إحدى الدراسات على الكشف المسبق للأعراض السلبية في الحمل (ب. كبير). تركز الدراسة الثانية على التشخيص المبكر للإنتان التالي للعمليات الجراحية عند الرضع (م. غاراند). إضافةً إلى الدراسات السريرية، تقوم مجموعتنا بتطوير برامج تعليمية عملية باستخدام بيانات omics العامة كمصدر لمواد التدريب. يمتد هذا النشاط إلى استقصاءات الجينات المرشحة في المختبر (التنميط الجيني والتعبيري، والدراسات الوظيفية التي تستخدم CRISPR / Cas9). -
أعضاء المختبر
Basirudeen Kabeer, PhDعالم موظفEmail: bkabeer (@) sidra.orgMathieu Garand, PhDعالم موظفEmail: mgarand (@) sidra.orgMohammed Toufiq, BScأخصائي أبحاثEmail: mtoufiq (@) sidra.orgMohamed Alfaki, BScأخصائي أبحاثEmail: malfaki (@) sidra.org
داميان شوسابيل، دكتوراه
Executive Director – Translational Medicine
Principal Investigator – Full Level
Translational Systems Biology Laboratory
dchaussabel (@) sidra.org
منشورات مختارة(†equal contribution, *corresponding):
- Huang SSY, Al Ali F, Boughorbel S, Toufiq M, Chaussabel D, Garand M. A curated collection of transcriptome datasets to investigate the molecular mechanisms of immunoglobulin E-mediated atopic diseases. Database (2019) 2019: baz066.
- Brummaier T, Syed Ahamed Kabeer B, Lindow S, Konje JC, Pukrittayaamee S, Utzinger J, Toufiq M, Antoniou A, Marr AK, Suriyakan S, Kino T, Al Khodor S, Terranegra A, Nosten F, Paris DH, McGready R, Chaussabel D. A prospective cohort for the investigation of alteration in temporal transcriptional and microbiome trajectories preceding preterm birth: a study protocol. BMJ Open (2019) 9(1):e023417.
- Dunning J, Blankley S, Hoang LT, Cox M, Graham CM, James PL, Bloom CI, Chaussabel D, Banchereau J, Brett SJ, Moffatt MF, O'Garra A, Openshaw PJM; MOSAIC Investigators. Progression of whole-blood transcriptional signatures from interferon-induced to neutrophil-associated patterns in severe influenza. Nat Immunol (2018) 19(6):625-635.
- Chaussabel D, Rinchai D. Using 'collective omics data' for biomedical research training. Immunology. (2018) 155(1):18-23.
- Jaggi P, Mejias A, Xu Z, Yin H, Moore-Clingenpeel M, Smith B, Burns JC, Tremoulet AH, Jordan-Villegas A, Chaussabel D, Texter K, Pascual V, Ramilo O. Whole blood transcriptional profiles as a prognostic tool in complete and incomplete Kawasaki Disease. PLoS One (2018) 13(5):e0197858.
- Israel L, Wang Y, Bulek K, Della Mina E, Zhang Z, Pedergnana V, Chrabieh M, Lemmens NA, Sancho-Shimizu V, Descatoire M, Lasseau T, Israelsson E, Lorenzo L, Yun L, Belkadi A, Moran A, Weisman LE, Vandenesch F, Batteux F, Weller S, Levin M, Herberg J, Abhyankar A, Prando C, Itan Y, van Wamel WJB, Picard C, Abel L, Chaussabel D, Li X, Beutler B, Arkwright PD, Casanova JL, Puel A. Human Adaptive Immunity Rescues an Inborn Error of Innate Immunity. Cell (2017) 23;168(5):789-800.e10.
- Rinchai D, Anguiano E, Nguyen P, Chaussabel D. Finger stick blood collection for gene expression profiling and storage of tempus blood RNA tubes. Version 2. F1000Res (2016, revised 2017) 5:1385.
- Rinchai D, Presnell S, Vidal M, Dutta S, Chauhan V, Cavanagh D, Moncunill G, Dobaño C, Chaussabel D. Blood Interferon Signatures Putatively Link Lack of Protection Conferred by the RTS,S Recombinant Malaria Vaccine to an Antigen-specific IgE Response. Version 2. F1000Res (2015) 4:919.
- Alsina L, Israelsson E, Altman MC, Dang KK, Ghandil P, Israel L, von Bernuth H, Baldwin N, Qin H, Jin Z, Banchereau R, Anguiano E, Ionan A, Abel L, Puel A, Picard C, Pascual V, Casanova JL, Chaussabel D. A narrow repertoire of transcriptional modules responsive to pyogenic bacteria is impaired in patients carrying loss-of-function mutations in MYD88 or IRAK4. Nat Immunol (2014) 15(12):1134-42.
- Obermoser G, Presnell S, Domico K, Xu H, Wang Y, Anguiano E, Thompson-Snipes L, Ranganathan R, Zeitner B, Bjork A, Anderson D, Speake C, Ruchaud E, Skinner J, Alsina L, Sharma M, Dutartre H, Cepika A, Israelsson E, Nguyen P, Nguyen QA, Harrod AC, Zurawski SM, Pascual V, Ueno H, Nepom GT, Quinn C, Blankenship D, Palucka K, Banchereau J, Chaussabel D. Systems scale interactive exploration reveals quantitative and qualitative differences in response to influenza and pneumococcal vaccines. Immunity (2013) 38(4):831-44.